Según los propios científicos, las principales diferencias entre las condiciones laborales que se ofrecen en el extranjero y en España son los salarios, la financiación,  el reconocimiento social, la estabilidad laboral y la carrera investigadora. .Únicamente el  30% de los científicos españoles en el exterior se plantea regresar a España  cuando concluyan su actual relación laboral. 

Este  informe de periodicidad anual con el que se pretende contribuir a mejorar el sistema nacional de I+D+i mediante el conocimiento de la situación de los jóvenes investigadores que trabajan en España y su comparación con la de los científicos españoles que realizan su labor en el extranjero.
INNOVACEF 2012 se ha realizado sobre una muestra 789 científicos, divididos en 642 jóvenes investigadores que realizan su actividad en España y 147 científicos españoles que desarrollan su actividad en el exterior.

En el INNOVACEF 2012, los jóvenes investigadores que trabajan en España han otorgado un 4 sobre 10 al grado de confianza que les transmite el sistema nacional de I+D+i. Este valor es el menor que ha obtenido el índice en sus siete ediciones. “Por desgracia, se trata de cifras que se encuentran muy lejos del nivel de expectativas que ofrecen los sistemas de I+D+i de los países extranjeros más avanzados, en los que los científicos españoles efectúan su labor”, señala Aceituno.
Por Comunidades Autónomas, los jóvenes investigadores que manifiestan un mayor grado de confianza en su sistema de I+D+i son, por este orden: Cataluña (4,5), Galicia (4,4) y Andalucía (4,2). Todas estas cifras superan al índice general, pero se encuentran todavía alejadas del nivel de unas expectativas medias.

Españoles en el extranjero
En el INNOVACEF 2012 se ha mantenido el grado de confianza de los científicos españoles en el extranjero en los mismos 5,7 puntos del año 2011. Dicho índice alcanzó un máximo nivel en el año 2010 con 6,3 puntos.
Estos científicos, que principalmente realizan su actividad en países de la Unión Europea y Estados Unidos, han considerado que el mejor lugar para investigar es Holanda con una puntuación de 6,2 puntos, seguido de Alemania (6) y Francia (5,8).

Grado de confianza de jóvenes investigadores en España
Por lo que respecta al balance de la movilidad investigadora, el 76% de los jóvenes investigadores que trabajan en España, tiene altas posibilidades de marcharse al extranjero, lo que representa un incremento del 14% respecto a INNOVACEF 2011 (62%).
En cambio, el porcentaje de científicos españoles que podría regresar en el espacio de temporal de dos años o cuando finalice su actual relación laboral es del  30%,  manteniéndose estos datos en cifras similares a las del año pasado (29%). Según Pedro Aceituno, “dados los escasos niveles de confianza en España, parece que los científicos españoles en el exterior, no harán de momento una apuesta decidida por regresar, a pesar de que su grado de confianza en los sistemas en los que trabajan tampoco se ha incrementado, sino que se ha mantenido.

Por segundo año consecutivo, se ha incluido una cuestión para profundizar en el tipo de cooperación de los científicos encuestados con el sector empresarial Tanto los jóvenes investigadores que trabajan en España como los científicos españoles que efectúan su labor en el extranjero han seleccionado prácticamente las mismas opciones y con porcentajes bastante similares. 
Destaca que el establecimiento de la nueva opción “Realización de Tesis doctorales” haya tenido un buena respuesta en ambos colectivos (5º puesto), por la importancia que tiene para conseguir una adecuada transferencia del conocimiento científico, que los científicos desde los inicios de su carrera investigadora establezcan relaciones con el mundo empresarial.  
Por otro lado, la colaboración con el sector empresarial para la creación de nuevas empresas de base tecnológica, continúa en niveles escasos y muy similares a los del año pasado, lo que no beneficia a la generación de puestos de trabajo altamente cualificados, como una de las grandes potencialidades que posee esta línea de transferencia del conocimiento científico.

Diferencias con España.
El índice de confianza de los científicos españoles en el extranjero se mantiene en sus menores niveles (5,7 puntos). No obstante, esta cifra muestra que la diferencia con el grado de confianza de los jóvenes investigadores que trabajan en España, es todavía importante, ya que se sitúa en los 1,7 puntos.
Para los científicos españoles en el extranjero, las principales diferencias entre las condiciones laborales que se ofrecen en el extranjero y en España son, por este orden, los salarios, la financiación,  el reconocimiento social, la estabilidad laboral y la carrera investigadora.
Principales resultados de la Encuesta (entendiéndose ES como los jóvenes investigadores que trabajan en España y por EX, los científicos españoles en el exterior)
El 72% de los jóvenes investigadores que trabajan en España (ES) tiene expectativas favorables en cuanto a la publicación de sus conocimientos frente al 94% de los científicos españoles en el exterior (EX).
Las perspectivas positivas de patentar se mantienen escasas para ambos colectivos, con un 41% para los EX y un 29% para los ES.
El 61 % de los EX considera que se conseguirán nuevos o mejorados productos/procesos de sus proyectos de I+D+i frente al 48 % de los ES.
Únicamente el 24% de los ES está recibiendo o va a recibir formación frente a un 63% de los EX.
Por lo que respecta a la satisfacción con la carrera investigadora que se les ofrece, el 78% de los EX muestran expectativas favorables con la misma, por un 28% de los ES que manifiesta esta misma consideración.
El 52% de los EX tiene perspectivas favorables de que se contrate personal investigador para la realización de sus proyectos de I+D+i por un 21% en el caso de los ES.
El 82% de los EX considera que existen muchas posibilidades de que se incrementen los gastos específicamente científicos, frente a un 28% de los ES que muestran expectativas favorables en este mismo sentido
La acción comercial sistemática de los departamentos responsables de la transferencia del conocimiento científico en sus organizaciones no despierta gran confianza en ninguno de los dos colectivos, con un 35% de los EX y un 18% para los ES.
Un 48% de los EX está actualmente cooperando con otros socios o colaborará próximamente en proyectos tanto multidisciplinares como unidisciplinares  por un 28% de los ES.
El 87% de los EX frente al 45% de los ES está de acuerdo con la financiación que recibe, aunque creen que sería conveniente percibir una mayor cantidad de recursos económicos en función de los objetivos conseguidos y de los que se pueden alcanzar. 
El 42% de los EX asegura que sus resultados ya han logrado mejorar la competitividad de sus organizaciones, por solamente un 32% de los ES que ya ha conseguido estas ventajas de competitividad.